WinOmega fa servir nombrosos fitxers de disc, que detallem tot seguit, i que podreu trobar a la mateixa carpeta de programa, o bé a la carpeta de treball si fos distinta, o a carpetes per sota numerades del 2 al 9 si utilitzeu empreses diferents a la 1.
WINOMEGA.EXE: Fitxer executable del programa.
WOMEGACA.CHM i WOMEGAES.CHM: Arxius del sistema d'ajuda.
WOMEGA*.BMP: Imatges per al fons de la pantalla principal.
WINOMEGA.CAT, WINOMEGA.ESP, WINOMEGA.ENG, WINOMEGA.EUS, WINOMEGA.FRA, WINOMEGA.GAL, WINOMEGA.ITA, WINOMEGA.OCC i WINOMEGA.POR: Diccionaris d' idioma. No han de ser modificats per l'usuari, si no és que projecta traduir WinOmega a una altra llengua, i en qualsevol cas sota la seva estricta responsabilitat.
WINOMEGA.PRV: Diccionari de províncies.
WINOMEGA.BNC i WINOMEGA.BIC: Diccionaris d'entitats bancàries.
WINOMEGA.OPR: Diccionari d'operadors telefònics.
WINOMEGA.SIM: Diccionari de zones sense impost indirecte.
WINOMEGA.IVA: Emmagatzema les dades dels diferents tipus d'impost indirecte.
WINOMEGA.INI: Fitxer de configuració d'usuari. No ha de ser modificat manualment. Es
troba a la carpeta de configuració, la ubicació de la qual pot ser consultada a Status.
WINOMEGA.SIG: Fitxer de registre d'usuari (només a versions registrades).
No ha de ser modificat manualment. Es troba a la carpeta de programa, la ubicació de la qual pot ser consultada a
Status.
PRE*.TXT: Arxius predefinits creats per l'usuari amb text lliure fix per a albarans, pressupostos, factures i comandes, o amb text fix per a enviar albarans, pressupostos, factures i comandes per correu electrònic.
OMG-PAD.TXT: Guarda el contingut del bloc de notes.
OMG-PRL.TXT: Guarda el text al peu de la llista de preus.
*.RTF: Arxius generats i nomenats directament per l'usuari a través de l'editor de textos.
*.QRP: Arxius generats i nomenats directament per l'usuari a través d'una vista prèvia.
*.N19, *.N58, *.CORE,
*.B2B: Arxius per a conservar la configuració dels càrrecs bancaris AEB i SEPA.
CONTACL?.EUC, XDIARIO*.DBF, XSUBCTA*.DBF, XDATASI*.DBF i CONTA0?.SEC: Arxius generats indirectament per l'usuari en exportar factures a comptabilitat.
Poden existir, a més, altres arxius amb nom definit totalment per l'usuari que es creen en emetre rebuts en fitxer.
A la carpeta temporal de Windows el programa diposita provisionalment alguns fitxers, especialment en mostrar una vista prèvia. És aconsellable eliminar-los de tant en tant per recuperar espai al disc.
Hi ha molts altres fitxers a les carpetes \Windows i \Windows\System32 (pot variar segons la versió del sistema operatiu) que són també necessaris per al correcte funcionament del programa. Si accidentalment o expressament algú els elimina, és molt probable que WinOmega i altres programes deixin de funcionar correctament, i us veureu obligat a reinstal·lar Windows.
Els fitxers amb nom en color vermell són els que formen la base de dades de l'usuari i cal incloure sempre a la còpia de seguretat. Els que duen color blau és recomanable que també hi siguin inclosos.
Fem servir aquí la notació clàssica de MS-DOS per a referir-nos als noms genèrics de fitxers: un asterisc pot significar diversos caràcters i un signe d'interrogació n'indica només un.